Όπως συνέβη και στην Γ΄ Εθνοσυνέλευση (Επιδαύρου και Τροιζήνας), ο αριθμός των βουλευτών που αναλογούσε στην Κρήτη στη Βουλή του 1827 αποτέλεσε αντικείμενο αντιπαράθεσης. Ενώ στις εκλογές των αντιπροσωπευτικών σωμάτων μέχρι το 1827 η Κρήτη συνιστούσε ενιαία εκλογική περιφέρεια με δικαίωμα εκλογής τριών ή τεσσάρων βουλευτών και διπλασίου αριθμού πληρεξουσίων, η Γ΄ Εθνοσυνέλευση (Τροιζήνας) θέσπισε στις 28 Απριλίου 1827 ότι στο εξής οι αντιπρόσωποι του νησιού, είτε επρόκειτο για βουλευτές είτε για πληρεξουσίους, θα εκλέγονταν από τις επιμέρους επαρχίες του, όπως συνέβαινε και στην υπόλοιπη επαναστατημένη επικράτεια. Ο ακριβής τρόπος της εφαρμογής της απόφασης ανατέθηκε από την εθνοσυνέλευση στη βουλή που θα ακολουθούσε. Όπως αποδείχθηκε, τα μέλη της Βουλής του 1827 στάθηκαν απρόθυμα να εφαρμόσουν τη δεσμευτική απόφαση της εθνοσυνέλευσης, η οποία θα είχε ως συνέπεια τη σημαντική αύξηση των βουλευτών που αντιπροσώπευαν την Κρήτη.
Για την εκλογική διαδικασία στο νησί δεν εντοπίστηκαν πληροφορίες. Ωστόσο, από κατάλογο μισθοδοσίας των βουλευτών στα πρακτικά της Βουλής με ημερομηνία 18 Ιανουαρίου 1828 επιβεβαιώνεται η συμμετοχή τριών αντιπροσώπων της Κρήτης, του Μανουήλ Βερνάρδου από την επαρχία Πανάκρου (ή Αμαρίου), του Νεόφυτου Οικονόμου από την επαρχία Κνωσού (ή Μαλεβιζίου) και του Γεωργίου Σακκόραφου από την επαρχία Αγ. Βασιλείου, από την πρώτη συνεδρίαση του σώματος (20 Ιουνίου 1827). Από την Κρήτη καταγόταν επίσης ο πρόεδρος του σώματος, Νικόλαος Ρενιέρης, ο οποίος στην Γ΄ Εθνοσυνέλευση ήταν πληρεξούσιος της επαρχίας Σελίνου, αλλά στη θέση του προέδρου της Βουλής είχε διοριστεί με ψήφισμα της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης (Τροιζήνας) στις 4 Μαΐου 1827 και μάλλον δεν αντιπροσώπευε συγκεκριμένη εκλογική περιφέρεια. Την είσοδό τους στο σώμα ως βουλευτές της Κρήτης διεκδίκησαν πάντως τουλάχιστον άλλοι έξι εκλεγμένοι αντιπρόσωποι επαρχιών του νησιού, οι Εμμανουήλ Αντωνιάδης, Παναγιώτης Ζερβουδάκης, Θεοχάρης Κουγιουμτζόγλους (ή Αγαθάκης), Ν. Λιμπρίτης, Ιωάννης Μιχαήλ και Ευθύμιος Νταλαμπέλας.
Στη συνεδρίαση της 21ης Ιουλίου 1827 αναγνώστηκε ενώπιον της ολομέλειας αναφορά του εκλεγέντος βουλευτή Εμμ. Αντωνιάδη, με την οποία διαμαρτυρόταν για την καθυστέρηση στην επικύρωση του παραστατικού εγγράφου της εκλογής του που είχε καταθέσει στη Βουλή. Το σώμα αποφάσισε να αναβάλει την απόφασή του, μέχρι τη ρύθμιση περισσότερο επειγόντων για τη λειτουργία του ζητημάτων. Την επόμενη (22 Ιουλίου), αναφορά με παρόμοιο περιεχόμενο υπέβαλαν στο σώμα και άλλοι τρεις εκ των εκλεγέντων βουλευτών της Κρήτης, οι Θ. Κουγιουμτζόγλους (ή Αγαθάκης), Ν. Λιμπρίτης και Ευθ. Νταλαμπέλας, οι οποίοι επεσήμαναν ότι η απόφαση της επιτροπής ελέγχου των παραστατικών εγγράφων σήμαινε ότι στο σώμα, κατά παράβαση της εντολής της εθνοσυνέλευσης και του ελληνικού συντάγματος, αντιπροσωπεύονταν τέσσερις μόνο από τις επαρχίες του νησιού και προεξόφλησαν ότι οι υπόλοιπες δεν επρόκειτο να αποδεχθούν τη διευθέτηση να μείνουν οι τέσσερις βουλευτές στο σώμα ως γενικοί αντιπρόσωποι της Κρήτης. Για το λόγο αυτό απαίτησαν τη λήψη οριστικής απόφασης του σώματος σχετικά με το κατά πόσον θα έκανε δεκτούς και τους επιπλέον βουλευτές της Κρήτης με βάση το δικαίωμα αντιπροσώπευσης κατά επαρχίες, κατά την απόφαση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης (Τροιζήνας), ή όχι. Η αναφορά τους αναγνώστηκε στη συνεδρίαση της 28ης Ιουλίου 1827 από τη Βουλή, η οποία και σε αυτήν την περίπτωση απέφυγε να λάβει οποιαδήποτε απόφαση σχετικά με το ζήτημα.
Στις 3 Αυγούστου 1827 το σώμα ενέκρινε το αίτημα που είχαν καταθέσει την ίδια ημέρα οι βουλευτές του νησιού Νεόφυτος Οικονόμου και Γεώργιος Σακκόραφος να τους επιτραπεί να λάβουν μέρος στη σχεδιαζόμενη εκστρατεία στην πατρίδα τους, αλλά παρέπεμψε στο μέλλον τη λήψη απόφασης σχετικά με την αποδοχή των υπολοίπων βουλευτών των επαρχιών της Κρήτης, σημειώνοντας όμως σαφώς ότι θα ενεργούσε σύμφωνα με την απόφαση της εθνοσυνέλευσης. Λίγες ημέρες αργότερα, στις 8 Αυγούστου, οι Θ. Κουγιουμτζόγλους (ή Αγαθάκης), Ν. Λιμπρίτης και Ευθ. Νταλαμπέλας διαμαρτυρήθηκαν εκ νέου για τη μεγάλη καθυστέρηση στην έκδοση οριστικής ετυμηγορίας της Βουλής σχετικά με το ζήτημα, που είχε ως αποτέλεσμα να επιβαρύνονται με μεγάλα έξοδα, παραμένοντας για μήνες στο Ναύπλιο, και απαίτησαν από το σώμα να αποφανθεί κατά πόσον θα εφάρμοζε ή θα ακύρωνε την απόφαση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης. Στη συνεδρίαση της 29ης Αυγούστου 1827 η Βουλή αποφάσισε ότι το ζήτημα των παραστατικών εγγράφων εκλογών των επαρχιών της Κρήτης που διεκδικούσαν την ιδιαίτερη αντιπροσώπευσή τους σε εφαρμογή της εντολής της εθνοσυνέλευσης θα έμενε σε εκκρεμότητα έως ότου το ήμισυ των παρόντων μελών του σώματος ζητούσε εγγράφως να τεθεί προς συζήτηση.
Στις 14 Σεπτεμβρίου 1827 οι Θ. Κουγιουμτζόγλους (ή Αγαθάκης), Ν. Λιμπρίτης και Ευθ. Νταλαμπέλας, από κοινού αυτήν τη φορά με έναν ακόμη εκλεγέντα βουλευτή του νησιού, τον Ιω. Μιχαήλ, εξέφρασαν την αγανάκτησή τους για το γεγονός ότι η Βουλή επικαλούταν διαρκώς λόγους για να αναβάλει την απόφασή της σχετικά με την επικύρωση ή μη της εκλογής τους, διατηρώντας για τέσσερις μήνες το ζήτημα σε εκκρεμότητα, με συνέπεια την οικονομική τους εξάντληση. Οι ίδιοι υπογράμμισαν ότι δεν διεκδικούσαν την είσοδό τους στο σώμα για λόγους βιοπορισμού ή επειδή έπασχαν από «αντιπροσωπομανίαν», αλλά θέλοντας να εκπληρώσουν την εντολή της ιδιαίτερης πατρίδας τους και τις αποφάσεις της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης τις οποίες θεωρούσαν ιερές, αναλλοίωτες και αμετάτρεπτες. Αναφορά με ανάλογο περιεχόμενο κατέθεσε στο σώμα δύο ημέρες αργότερα, στις 16 Σεπτεμβρίου 1827, και ο Εμμ. Αντωνιάδης, ο οποίος διαμαρτυρήθηκε για την έλλειψη σεβασμού που επιδείκνυε η Βουλή προς το σύνταγμα, αρνούμενη το δικαίωμα στην επαρχία Κυδωνίας, που τον είχε εκλέξει βουλευτή, να αντιπροσωπευθεί στη Βουλή. Και οι δύο αναφορές, οι οποίες απαιτούσαν την άμεση έκδοση μιας οριστικής απόφασης, θετικής ή αρνητικής, αναγνώστηκαν στη συνεδρίαση της Βουλής της 20ης Σεπτεμβρίου 1827, αλλά και πάλι μετατέθηκε στο μέλλον η λήψη οποιασδήποτε απόφασης για την υπόθεση.
Στις 28 Σεπτεμβρίου το θέμα τέθηκε και πάλι υπόψιν της Βουλής, τα μέλη της οποίας συμφώνησαν να αποφασίσουν οριστικά για το ζήτημα στην επόμενη συνεδρίαση. Την επόμενη ημέρα (29 Σεπτεμβρίου 1827), ο βουλευτής Ν. Οικονόμου ενημέρωσε το σώμα ότι πάνω από τριάντα μέλη της πολιτικής και στρατιωτικής ηγεσίας της Κρήτης είχαν αποφασίσει σε πρόσφατη συνέλευσή τους στην Αίγινα, σε περίπτωση μη αποδοχής των επιπλέον κρητών βουλευτών, κατά την απόφαση της εθνοσυνέλευσης, να αποχωρήσουν και όσοι είχαν ήδη γίνει δεκτοί, καταγγέλλοντας την αδικία σε βάρος της νήσου, και αιτήθηκε να δοθεί μια οριστική απάντηση αυθημερόν, ώστε να αναχωρήσει και ο ίδιος με την οικογένειά του από την Αίγινα. Η αναφορά του αναγνώστηκε από την ολομέλεια στη συνεδρίαση της επόμενης, στις 30 Σεπτεμβρίου. Μετά την ανάγνωσή της, η Βουλή δεσμεύθηκε ότι θα αποφάσιζε οριστικά την επόμενη ημέρα.
Εντούτοις, το σώμα δεν επανήλθε στο ζήτημα μέχρι την κατάργησή του, στις 19 Ιανουαρίου 1828, με αποτέλεσμα η Κρήτη να μείνει με τριμελή βουλευτική αντιπροσωπεία σε όλη τη διάρκεια της Βουλής του 1827, παρά την απόφαση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης (Τροιζήνας). Από τον κατάλογο μισθοδοσίας των βουλευτών, αλλά και από διάφορες αναφορές στα πρακτικά στη δραστηριότητα που ανέπτυξαν ως μέλη του σώματος, καθίσταται επίσης σαφές ότι οι τρεις βουλευτές του νησιού, Μανουήλ Βερνάρδος, Νεόφυτος Οικονόμου και Γεώργιος Σακκόραφος, δεν πραγματοποίησαν την απειλή τους να παραιτηθούν.
