Με βάση τον εκλογικό νόμο και τη διακήρυξη της Προσωρινής Διοίκησης για τη σύγκληση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης στην Επίδαυρο (1826), στην επαρχία Μυκόνου και Σύρας αναλογούσαν δύο πληρεξούσιοι.
Όπως και στις προηγούμενες εκλογικές αναμετρήσεις, στην εκλογή πήρε μέρος μόνο η Μύκονος, καθώς η Σύρος, μολονότι τυπικά ανήκε στην επαρχία, δεν είχε μέχρι εκείνη τη στιγμή αναγνωρίσει την υπαγωγή της στην ελληνική επαναστατική διοίκηση. Επίσης, για άγνωστους λόγους η επαρχία εξέλεξε μόνο έναν πληρεξούσιο.
Η εκλογή του πραγματοποιήθηκε από δύο διαδοχικές επαρχιακές συνελεύσεις, στις 26 Νοεμβρίου 1825 και τις 9 Φεβρουαρίου 1826, οι οποίες ανέδειξαν ως πληρεξούσιο τον Πέτρο Μαυρογένη. Το πληρεξούσιο έγγραφο της δεύτερης εκλογής του που παρουσιάστηκε στην εθνοσυνέλευση έφερε 36 υπογραφές εκλεκτόρων και κατέγραφε την επιλογή τους ως ομόφωνη.
Στις 24 Μαρτίου 1826 το έγγραφο εξετάστηκε από την αρμόδια επιτροπή ελέγχου των πληρεξουσίων εγγράφων του Βουλευτικού, η οποία επικύρωσε την εκλογή και έκανε δεκτό τον εκλεγέντα ως νόμιμο πληρεξούσιο. Στην έκθεσή της προς την ολομέλεια στις 6 Απριλίου η αντίστοιχη επιτροπή της εθνοσυνέλευσης συγκατάλεξε την εκλογή στις αδιαφιλονίκητες. Ο Πέτρος Μαυρογένης έλαβε μέρος ως πληρεξούσιος της επαρχίας Μυκόνου και Σύρας στις εργασίες του σώματος στην Επίδαυρο.
