Με βάση τον εκλογικό νόμο και τη διακήρυξη της Προσωρινής Διοίκησης για τη σύγκληση της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης στην Επίδαυρο (1826), στην Κρήτη αναλογούσαν έξι πληρεξούσιοι.
Η εκλογή τους, η οποία συνέπεσε με μια προσπάθεια αναζωογόνησης της Επανάστασης στο νησί, υπήρξε διαδικασία σύνθετη και αρκετά διαφορετική από τις προηγούμενες εκλογές αντιπροσώπων για το Βουλευτικό και τις εθνοσυνελεύσεις εκεί. Ενώ ως τότε ολόκληρη η Κρήτη συνιστούσε ενιαία εκλογική περιφέρεια, αντιπροσωπευόμενη από τρεις ή τέσσερις παραστάτες, στην εκλογή για την Γ΄ Εθνοσυνέλευση Επιδαύρου (1826) σε ορισμένες τουλάχιστον από τις επαρχίες της πραγματοποιήθηκαν ξεχωριστές συνελεύσεις για την ανάδειξη ιδιαίτερων πληρεξουσίων. Ως αποτέλεσμα αυτής της διαδικασίας απεστάλη μεγάλος αριθμός πληρεξουσίων, τους οποίους η εθνοσυνέλευση αρνήθηκε να κάνει δεκτούς, περιορίζοντας τον αριθμό τους σε έξι, οι οποίοι θεωρήθηκαν αντιπρόσωποι ολόκληρου του νησιού.
Από τα πληρεξούσια έγγραφα εκλογής που κατατέθηκαν στην εθνοσυνέλευση έχουν εντοπιστεί πέντε, τα οποία προσφέρουν μια εικόνα των κατά τόπους εκλογικών διαδικασιών. Πρώτη χρονικά διεξήχθη, στις 13 Φεβρουαρίου 1826, η επαρχιακή συνέλευση της επαρχίας Κισσάμου, η οποία για άγνωστο λόγο έλαβε χώρα στον οικισμό Αγ. Ειρήνη της επαρχίας Σελίνου, με τη συμμετοχή 18 εκλεκτόρων και ανέδειξε ως πληρεξουσίους τους Μαρτινιανό Περράκη και Δημήτριο Χρυσαφόπουλο. Δύο μέρες αργότερα, στις 15 Φεβρουαρίου, πραγματοποιήθηκε η τοπική συνέλευση της επαρχίας Σελίνου στο χωριό Κουστογέρακο με τη συμμετοχή 14 εκλεκτόρων, οι οποίοι ανέδειξαν ως πληρεξουσίους τους Παναγιώτη Ιωάννου και Νικόλαο Ρενιέρη. Στις 17 Φεβρουαρίου έλαβε χώρα η επαρχιακή συνέλευση της επαρχίας Χερσονήσου (ή Πεδιάδος) στο χωριό Παναγία με τη συμμετοχή επίσης 14 εκλεκτόρων, οι οποίοι ψήφισαν ως πληρεξουσίους τους Θεοχάρη Κουγιουμτζόγλου (ή Αγαθάκης) και Μιχαήλ Φλαμπουριάρη. Την επόμενη μέρα, στις 18 Φεβρουαρίου, διεξήχθη η τοπική συνέλευση της επαρχίας Πανάκρου (ή Αμαρίου) στον οικισμό Πισταγή (σήμερα γνωστότερη ως Βισταγή) με τη συμμετοχή 10 εκλεκτόρων, οι οποίοι εξέλεξαν τους Μανουήλ Βερνάρδο και Κωνσταντίνο Πολανάκη. Τέλος, στις 28 Φεβρουαρίου 1826 έλαβε χώρα στο χωριό Κρουσώνας η επαρχιακή συνέλευση της επαρχίας Κνωσού (ή Μαλεβιζίου), οι 14 εκλέκτορες της οποίας ανέδειξαν ως πληρεξουσίους τους Γεώργιο Ιδομενέα, Μύρωνα Μελιδονάκη, Ιωάννη Μιχαήλ και Νεόφυτο Οικονόμου. Όλα τα πληρεξούσια έγγραφα εκλογής είχαν επικυρωθεί από τη Γενική Διοίκηση Κρήτης, η οποία έδρευε στο φρούριο της Γραμβούσας. Αν και δεν εντοπίστηκαν ανάλογα έγγραφα εκλογής για άλλες επαρχίες της Κρήτης, είναι πάντως βέβαιο ότι είχαν πραγματοποιηθεί και άλλες τέτοιες τοπικές συνελεύσεις, γιατί στις αναφορές των εκλεγέντων πληρεξουσίων προς την εθνοσυνέλευση εντοπίζονται, εκτός των προαναφερθέντων, και τα ονόματα των Άνθιμου (ηγουμένου Μονής Χρυσοπηγής), Εμμανουήλ Αντωνιάδη, Ματθαίου Βασιλάκη, Νικολάου Γεωργιάδη, Δ. (Πρωτοσύγκελου Κρήτης), Μανουήλ Λασκαρίδη, Δημητρίου Μπογιατζόγλου, Άγγελου Παλαιολόγου, Ιωάννη Παπαδάκη, Ζαχαρία Πρακτικίδη, Γεωργίου (Τζώρτζη) Σαουνάτζου, Νικολάου Σκορδίλη και Μ. Φαραντάκη.
Στις 9 Απριλίου 1826 όσοι από τους εκλεγέντες πληρεξουσίους της Κρήτης ήταν παρόντες στην Επίδαυρο αιτήθηκαν την άδεια να παρουσιάσουν ενώπιον της ολομέλειας μια αναφορά τους. Σε απάντηση, η Εθνοσυνέλευση κάλεσε την ίδια μέρα τους έξι νόμιμους πληρεξουσίους να παρουσιάσουν τα πληρεξούσια έγγραφά τους στην αρμόδια επιτροπή ελέγχου των πληρεξουσίων εγγράφων, προκειμένου να γίνουν δεκτοί στο σώμα.
Η απόφαση να περιοριστεί σε έξι μόνο ο αριθμός των πληρεξουσίων από την Κρήτη προκάλεσε την αντίδραση των εκλεγέντων, οι οποίοι στις 10 Απριλίου αντέτειναν ότι η αναγνώριση τόσο μικρού αριθμού αντιπροσώπων παραβίαζε τις προβλέψεις του εκλογικού νόμου και ήταν αναντίστοιχη με το μέγεθος του νησιού, τον αριθμό των κατοίκων του και την προσφορά του στην Επανάσταση. Στις 11 Απριλίου, κατόπιν συνεννόησης με τον πρόεδρο της εθνοσυνέλευσης, παρουσίασαν τα πληρεξούσια έγγραφά τους στην επιτροπή ελέγχου των πληρεξουσίων εγγράφων, η οποία αρνήθηκε να τα επικυρώσει, επειδή προέρχονταν από επιμέρους επαρχίες και όχι από το σύνολο της Κρήτης. Η απόφαση προκάλεσε νέες αντιδράσεις εκ μέρους των εκλεγέντων, που επικαλέστηκαν τις διατάξεις του εκλογικού νόμου. Δύο μέρες αργότερα, στις 13 Απριλίου 1826, επανήλθαν στο ζήτημα, διερωτώμενοι αν η άρνηση της εθνοσυνέλευσης να δεχθεί στους κόλπους της τους αντιπροσώπους του νησιού δήλωνε την απόφασή της να πάψει να θεωρεί την Κρήτη ως μέρος του ελληνικού έθνους.
Τελικά στις εργασίες της Γ΄ Εθνοσυνέλευσης στην Επίδαυρο έλαβαν μέρος μόνο οι Εμμανουήλ Αντωνιάδης, Μανουήλ Βερνάρδος, Θεοχάρης Κουγιουμτζόγλους (ή Αγαθάκης), Νεόφυτος Οικονόμου, Μαρτινιανός Περράκης και Νικόλαος Ρενιέρης.
